Ayant appris qu'elles sont devenues sorcières, Victor Halliwell (Tony Denison), le père des soeurs réapparaît après des années d'absence. Phoebe et Piper ne se souviennent pas qu'il les a abandonné quand elles étaient petites, mais Prue l'a gardé en mémoire et n'est pas prête à lui pardonner. Elle le soupçonne même d'être revenu pour voler le Livre des ombres... Et il n'est pas le seul à vouloir le fameux livre puisque les voisins des soeurs Halliwell, qui sont en fait des démons, vont tenter également de le dérober...

Phoebe et Piper organisent le repas de mariage d'Elliot Spencer (Todd Cattell) et d'Allison Michaels (Christie Lynn Smith), un couple aisé de San Francisco. C'est alors que l'on découvre, dans la propriété, le cadavre du prêtre qui devait célébrer le mariage. La victime porte une dague ancienne, utilisée dans les rites d'exorciste. De plus, Phoebe voit l'accouchement d'un bébé démon dans une prémonition. Prue enquête et découvre qu'Allison, la future mariée, est en fait un démon... Les soeurs Halliwell vont donc devoir se battre pour empêcher le mariage et tuer le démon.

Aviva (Danielle Harris), une jeune femme quelque peu perturbée, devient amie avec Phoebe. C'est une sorcière et tient ses pouvoirs de la magie noire d'une horrible sorcière, Kali (Rebekah Carlton). Celle-ci va se servir d'Aviva pour voler les pouvoirs des soeurs Halliwell. En effet, elle lui promet des pouvoirs magiques si, en contrepartie, elle vole ceux des trois soeurs. Piper et Phoebe vont chercher à séduire Léo (Brian Krause), un ouvrier qui fait des travaux dans leur maison tandis que Prue envisage de rompre avec Andy.

Au 17ème siècle, Melinda Warren (Tyler Layton), une sorcière ancêtre des soeurs Halliwell, est enfermée par les villageois et va être brûlée. Mais lorsque l'homme qui l'a dénoncée, Matthew (Billy Wirth), vient la voir, elle l'enferme dans un médaillon à tout jamais. En 1998, Prue découvre ce médaillon sur son bureau et libère Matthew en l'ouvrant. Celui-ci est bien décidé à s'emparer du Pouvoir des Trois et à exterminer toute la famille Halliwell. C'est pourquoi les soeurs demandent de l'aide à Melinda et découvrent que le seul moyen de se débarasser de Mattew est de l'enfermer à nouveau dans le médaillon...

A la suite du vol d'une urne funéraire par trois jeunes américains, l'un d'entre eux meurt d'une piqûre de scorpion. En fait, il est puni par la gardienne de l'urne. La légende concernant cette urne semble donc se confirmer : en effet, quiconque vole ce vase est tué par l'esprit qui y sommeille. Clay (Victor Browne), l'un des jeunes gens et ex-petit ami de Phoebe, tente de renouer avec elle. Il demande à Prue de vendre l'urne chez Buckland's afin de s'en débarasser au plus vite. Les soeurs Halliwell apprennent grâce au Livre des ombres que l'esprit de l'urne ne peut être éliminé.

Alors qu'elle se trouve près d'un parc un soir de pleine lune, Piper tombe en panne d'essence et est obligée de téléphoner d'une cabine. Mais elle se fait attaquer par un lycanthrope (wendigo) et est griffée. Heureusement, elle est sauvée de justesse par Billy (Billy Jayne), un jeune homme qui traque cette créature depuis des mois. Le lendemain, Piper devient bizarrement agressive. Andy et une agent du FBI (Jocelyn Seagrave) recherchent la bête. Piper découvre qu'elle se transformera en lycanthrope les soirs de pleine lune, et que pour redevenir normale, il lui faudra tuer en plein coeur la bête...

La veille d'un vendredi 13, Prue et Phoebe pénètrent dans une boutique d'objets occulte, afin d'acheter un porte-bonheur. La propriétaire du magasin quelque peu nerveuse les prévient de faire attention au démon de la peur Barbas (Billy Drago) qui ne se réveille que tous les 1300 ans lors d'un vendredi 13 et doit tuer 13 sorcières pour être libre. Le lendemain, la femme est retrouvée assassinée. Piper est très supersicieuse et pense que les relations amoureuses qui débutent un vendredi 13 n'aboutissent à rien. C'est pourquoi elle évite un beau jeune homme qui s'intéresse à elle...

Phoebe découvre que Léo est un être de lumière et qu'il est chargé de les protéger. Il lui avoue aussi qu'il n'avait pas le droit de tomber amoureux de Piper. Au Quake, un nouveau chef change beaucoup de choses, ce qui ne plaît pas à Piper qui désire son départ. Prue veut aider Max Franklin (David Netter), un jeune garçon doté de pouvoirs psychokinétiques. Celui-ci a été kidnappé par des braqueurs de banque qui l'obligent à utiliser ses pouvoirs pour désactiver le système de sécurité...

Phoebe voir Prue se faire poignarder dans une prémonition par Gabriel Slater (Alex McArthur) et Helena (Shannon Sturges), deux membres du clan des Seigneurs de la guerre. Gabriel possède une épée toute puissante qui pourrait lui permettre de s'emparer des pouvoirs des soeurs Halliwell. Prue se retrouve bien vite prise au piège par les deux sorciers mais elle réussit à s'enfuir. Pour que Prue soit encore plus forte et réussisse à vaincre les sorciers, les soeurs décident de faire apparaître trois Prue...

Lors de la commémoration du jour anniversaire de la mort de leur grand-mère, Prue, Piper et Phoebe reçoivent la visite de Nicholas (Andrew Jackson), un sorcier qui réclame le pouvoir des trois en affirmant qu'il lui revient de droit car il a conclu un pacte avec la mère des trois sorcières il y a des années. Evidemment, les soeurs Halliwell veulent annuler le pacte et remontent donc dans le temps, le jour où le pacte a été signé...

Deux mauvais sorciers veulent créer un trio maléfique avec leur frère, Brendan (Michael Weatherly). Mais celui-ci est un bon sorcier et veut devenir prêtre. Prue va le protéger et l'aider dans sa quête. Mais ses frères essaient de réveiller le côté maléfique qui dort en lui et lui jettent un sort pour le forcer à tuer Prue...

Un grimlock (Matt George) enlève un enfant et Prue en est témoin. Elle tente d'intervenir mais échoue. Après quelques investigations, elle apprend que vingt ans plus tôt, d'autres enfants ont disparu dans les mêmes circonstances. Seul l'un d'entre eux a été retrouvé mais il est aveugle... Un journaliste voit Prue utiliser ses pouvoir et la harcèle pour en savoir plus. Phoebe appelle Prue à l'aide, et le journaliste assiste à la bataille des soeurs Halliwell contre les grimlocks. Andy découvre lui aussi la véritable identitée de Prue.

En visite sur l'île de la prison d'Alcatraz, Phoebe voit le fantôme d'un prisonnier nommé Jackson Ward qui avait été condamné à mort reprendre son ancien corps et tuer le guide (Sean Hennigan). C'est un ancien tueur en série qui a décidé de se venger des personnes qui l'ont tué il y a 30 ans. Les soeurs Halliwell doivent s'en débarasser mais pour cela, l'une d'elles doit mourir et lire la formule une fois devenue fantôme...

Une jeune être de lumière, Daisy (Lisa Robin Kelly), est poursuivie par son ex qui est en fait un démon nommé Alec (Michael Trucco). Léo est son protecteur mais est blessé par une flèche empoisonnée. C'est pourquoi il charge les soeurs Halliwell de la protéger et de vaincre Alec. C'est ainsi que Piper prend les pouvoirs de Léo grâce à une formule. Une fois le démon tué, elle revient au manoir pour guérir Léo, mais sans résultat. C'est là qu'elle lui dit qu'elle l'aime et que le miracle a lieu...

Un inspecteur, Rodriguez (Carlos Gomez), accumule des informations sur Andy et Prue, dans le but de les détruire. La nuit, Rodriguez, qui est en fait un démon, reçoit la visite de Tempus (David Carradine), un émissaire du mal qui a le pouvoir de manipuler le temps. En se servant d'Andy comme appât, Rodriguez s'apprête à occire les trois soeurs Halliwell. Grâce à son pouvoir particulier, Tempus parvient à remonter le temps à chaque fois que Rodriguez se fait tuer par les soeurs. Ainsi, celui-ci peut les vaincre à nouveau, en ne répétant pas les erreurs qu'il a fait lors de ses précédentes tentatives...